Gemäß Bayerischem Hochschulinnovationsgesetz sind die Organe des Studierendenwerks der Geschäftsführer, die Vertretungsversammlung und der Verwaltungsrat. Die Vertretungsversammlung findet einmal pro Jahr statt. In dieses Gremium entsendet jede der elf vom Studierendenwerk Erlangen-Nürnberg betreuten Hochschulen sieben Vertreter*innen. Eine der Hauptaufgaben der Vertretungsversammlung besteht darin, alle zwei Jahre einen neuen Verwaltungsrat zu wählen.